Cuatro hermanos tortuga con habilidades ninja encuentran nuevos aliados y a la vez villanos, y descubren un mundo mágico que nunca supieron que existía debajo de las calles de la ciudad de Nueva York.
Donatello aumenta la inteligencia de sus hermanos, aunque la situación se le va de las manos. Después de una extraña transformación, Michelangelo y Meat Sweats se convierten en grandes amigos.
La caótica Nueva York consigue que, incluso algo tan sencillo como devolver un DVD, se convierta en una aventura trepidante. Las tortugas intentan ayudar a un mutante sin hogar.
La nueva invención de inteligencia artificial de Donnie se apodera de la guarida. Mikey va solo en una misión para recuperar un videojuego clásico llamado Lou Jitsu.
Un malvado club de tecnología seduce a Donnie con la promesa de una preciosa chaqueta púrpura. Además, es la Semana de la Pizza, pero los lugares favoritos de las Tortugas para comer pizza no paran de cerrar.
El barón Draxum reúne una liga de villanos para derrotar a las tortugas.
Después de un desafortunado accidente, las tortugas se enfrentan a una multitud de villanos. Albearto y su ejército interrumpen el primer espectáculo musical en público de las tortugas.
Las Tortugas buscan una manera de eliminar el problema de Ooze de la ciudad de Nueva York.
Las Tortugas detienen un robo y se encuentran, durante el asalto, con su ídolo del patinaje; Hipopótamo regresa y provoca el caos en el baile organizado para celebrar la vuelta de April.
Leo, Mikey y April investigan una cacería de espectros misteriosos en un supermercado. April y los hermanos hacen que Raph enfrente su mayor miedo: un conejo adorable de programa de TV.
Leo derrota al ídolo de Raph como campeón del mundo de lucha profesional. Si alguien es capaz de superar el laberinto mutante en 30 minutos o menos, gana pizza gratis.
Las Tortugas ayudan a Abril a celebrar una fiesta de cumpleaños no muy feliz. Un presentador que solía informar de las noticias se convierte en un gusano mutante.
El Tanque Tortuga recién construido por Donnie desaparece. Para conseguir un regalo de cumpleaños para Splinter, las Tortugas tienen que enfrentarse a las matonas mascotas de Times Square.
Tras enterarse de que el buggy lunar Júpiter Jim ha sido embargado, las Tortugas tienen que hacer un trabajo para recuperarlo. Las Tortugas deben soportar la Gripe de la Rata de Splinter y las siete terribles etapas que la acompañan.
Por primera vez en sus vidas, las Tortugas Ninja se dan cuenta de que hay algo todavía más extraño que ellas merodeando por Nueva York.