Cuatro hermanos tortuga con habilidades ninja encuentran nuevos aliados y a la vez villanos, y descubren un mundo mágico que nunca supieron que existía debajo de las calles de la ciudad de Nueva York.
Después de un desafortunado accidente, las tortugas se enfrentan a una multitud de villanos. Albearto y su ejército interrumpen el primer espectáculo musical en público de las tortugas.
Las Tortugas buscan una manera de eliminar el problema de Ooze de la ciudad de Nueva York.
Las Tortugas detienen un robo y se encuentran, durante el asalto, con su ídolo del patinaje; Hipopótamo regresa y provoca el caos en el baile organizado para celebrar la vuelta de April.
Leo, Mikey y April investigan una cacería de espectros misteriosos en un supermercado. April y los hermanos hacen que Raph enfrente su mayor miedo: un conejo adorable de programa de TV.
Leo derrota al ídolo de Raph como campeón del mundo de lucha profesional. Si alguien es capaz de superar el laberinto mutante en 30 minutos o menos, gana pizza gratis.
Las Tortugas ayudan a Abril a celebrar una fiesta de cumpleaños no muy feliz. Un presentador que solía informar de las noticias se convierte en un gusano mutante.
El Tanque Tortuga recién construido por Donnie desaparece. Para conseguir un regalo de cumpleaños para Splinter, las Tortugas tienen que enfrentarse a las matonas mascotas de Times Square.
Tras enterarse de que el buggy lunar Júpiter Jim ha sido embargado, las Tortugas tienen que hacer un trabajo para recuperarlo. Las Tortugas deben soportar la Gripe de la Rata de Splinter y las siete terribles etapas que la acompañan.